في الحرب الأهلية التي بدأت بعد أشهر، اغتيل رئيس برشلونة، جوزيب سونول، من قبل جنود فرانكو، بالقرب من غوادالاخارا. لحسن الحظ، كان الفريق في جولة في المكسيك والولايات المتحدة الأمريكية، على الرغم من أنه ثُبت من عدم وجود أي توفير مالي للنادي، كما أن نصف من الفريق، تم "نفيه إلى المكسيك وفرنسا". في 16 مارس 1938 ، الفاشيين، أسقطوا قنبلة على نادي النادي الاجتماعي، حيث ألحقوا أضرار بالغة. وبعد بضعة أشهر، كان برشلونة تحت إشغال الفاشي، وكرمز للقومية الكاتالانية. وقد انخفض أعضاء النادي آن ذلك، إلى 3.486 عضو فقط، حيث كانوا يواجهون عددا من المشاكل الخطيرة. في مارس 1940 ، كان هناك تعاون وثيق مع نظام فرانكو، أبرمه إنريك بينيرو، حيث تم تعيينه في مكتب ماركيز آستا، كرئيس للنادي. وفي الوقت نفسه، كان اسم النادي، قد تغير من نادي برشلونة لكرة القدم، إلى اسم، برشلونة الاسباني لكرة القدم، حيث أصبح النادي، أكثر اسبانياً، (وهو التغيير الذي انعكس في نهاية المطاف في عام 1973)، حيث شهد تواجد أربعة أشرطة في علم كاتالونيا، بعدما كان هناك شريطين، حيث استمر ذلك، حتى عام 1949.