وقد سجل حضوره في منتخب أمال ألمانيا بقيادته في كأس الأمم الأوروبية تحت 21 عاما 2009 والتي فازوا بها ، ومما أدى إلى اختياره للمشاركة مع المنتخب الألماني في فعاليات كأس العالم 2010، ومن حسن حظ سامي خضيره إصابة القائد مايكل بالاك وسيمون رولفس. مما أدى لمدرب المنتخب الألماني يواخيم لوف لدفعه لقيادة وسط المنتخب رفقة باستيان شفاينشتايجر.
وفي 29 مايو 2010 شارك خضيره أمام المنتخب الهنغاري وقدم أداءا رائعا مما أدى إلى تثبيت موقعه في التشكيلة الرسمية إلى جانب باستيان شفاينشتايجر في كأس العالم 2010، وسجل هدفه الأول ضد المنتخب الأوروغواياني في مباراة تحديد المركز الثالث والذي فازوا به بقيادة المدرب يواخيم لوف.