ولد ميسي في 24 يونيو 1987 جنوب مدينة روزاريو, في مقاطعة سانتا في, الأرجنتين, لوالدين خورخي هوراسيو ميسي (مواليد 1958), عامل في أحد المصانع, وسيليا ماريا كوتشيتيني عاملة نظافة,[13][14][15] وتنحدر عائلة والده من اصول إيطالية حيث كان جده, انجيلو ميسي, الذي هاجر إلى الأرجنتين في 1883.[16][17] لديه شقيقين أكبر منه هما رودريغو وماتياس وكذلك أخت ماريا سول.[18] في سن الخامسة, بدأ ميسي لعب كرة القدم لنادي محلي يدربه والده خورخي يسمى غراندولي.[19] في عام 1995, انتقل ميسي إلى نيولز أولد بويز الذي كان مقره في مدينة روزاريو مسقط رأسه.[19] في سن ال 11، اكتشف أنه يعاني من نقص هرمونات النمو.[20] وأظهر نادي ريفر بليت رغبته في ضم ميسي, ولكن لم يكن يملك النادي ما يكفي من المال لدفع تكاليف علاج حالته التي تكلف 900$ في الشهر.[15]كارليس ريكساش, المدير الرياضي لنادي برشلونة, الذي سمع بموهبته عبر اتصال من أقارب ميسي في لاردة, كتلونيا,و حصلت عائلة ميسي على فرصة لتعرضه على نادي برشلونة, وسافر ميسي مع والده.[15] وشاهده نادي برشلونة وهو يلعب وذهل بموهبته وقام بعرض على عائلة ميسي الانتقال إلى إسبانيا مقابل التكفل بعلاجه.[19] انتقلت عائلته إلى أوروبا وبدأ في فرق الشباب في النادي.[21]