في موسم 2006-07، فرض ميسي نفسه كلاعب أساسي للفريق الأول، بتسجيله 14 مرة في 26 مباراة.[33] في 12 نوفمبر في المباراة ضد ريال سرقسطة، عانى ميسي بكسر في مشط القدم، أبعدته لمدة ثلاثة أشهر.[34][35] تعافى ميسي من إصابته في الأرجنتين، وجاءت عودته للعب ضد راسينغ سانتاندر في 11 فبراير،[36] حيث دخل اللقاء كلاعب بديل في الشوط الثاني. في 11 مارس، شهد الكلاسيكو ميسي في قمة مستواه، بإحرازه هاتريك ويهدي 10-لاعبين برشلونة التعادل 3-3، التعادل ثلاث مرات، مع التعادل الأخير أتى في الوقت المحتسب بدل الضائع.[37] وبذلك أصبح أول لاعب منذ إيفان زامورانو (لريال مدريد في موسم 1994-95) ليسجل هاتريك في الكلاسيكو.[38] ميسي هو أيضا أصغر لاعب من أي وقت مضى ليسجل في هذه المباراة. وبقرب نهاية الموسم بدأ بالعثور على الشباك في كثير من الأحيان؛ 11 من 14 هدف في الدوري للموسم جائت من آخر 13 مباراة.[39]
ميسي قبل وقت قصير من تسجيل هدفه الشهير في مرمى خيتافي.
ميسي أثبت أيضا انه "مارادونا الجديد"، من خلال تكرار أهداف مارادونا الأكثر شهرة في العالم في موسم واحد.[40] في 18 أبريل 2007، سجل هدفين في بطولة كأس ملك إسبانيا في النصف النهائي ضد خيتافي، وواحداً منهم كان شبيه إلى حد كبير بهدف مارادونا الشهير ضد إنجلترا في نهائيات كأس العالم 1986 في المكسيك، و يعرف بهدف القرن.[41] وقامت الصحف العالمية الرياضية بمقارنته بمارادونا، ووصفت الصحف الاسبانية ميسي بانه "ميسيدونا".[42] تقريباً ركض نفس المسافة، 62 متر (203 قدم)، التغلب على نفس العدد من اللاعبين (ستة، بما في ذلك حارس المرمى)، وسجل من وضع مماثل للغاية، وركض نحو الراية الركنية مثلما فعل مارادونا في المكسيك قبل 21 سنة.[40] في مؤتمر صحافي بعد المباراة، قال زميل ميسي في الفريق ديكو : "انه افضل هدف رأيته في حياتي".[43] ضد اسبانيول سجل ميسي هدف أيضا كان مماثلا لهدف مارادونا ضد إنجلترا في الدور الربع النهائي من بطولة كأس العالم. أطلق ميسي نفسه على الكرة ولامست يده لتتوجه الكرة في شباك الحارس كارلوس كاميني.[44] على الرغم من احتجاجات لاعبي اسبانيول والإعادات تؤكد انها لمسة يد واضحة، الهدف احتسب.[44]