كان ميسي في أول علاقة غرامية مع ليموس ماكارينا، وهي أيضا من مسقط رأسه في روزاريو. ويقال إنه تعرف عليها من جهة والد الفتاة عندما عاد إلى روزاريو للتعافي من إصابته قبل أيام قليلة من بدء كأس العالم 2006.[169][170] وفي الماضي أيضاً تم ربطه بعارضة الإغراء الأرجنتينية لوسيانا سالازار.[171][172] في يناير 2009 قال لـ "هاتريك برسا"، وهو برنامج يعرض على قناة كانال 33: "لدي صديقة وهي تعيش في الأرجنتين. وأنا مسترخي وسعيد".[172] وقد شوهد مع فتاة، انتونيلا روكوزو،[173] في كرنفال في سيدجيس بعد ديربي برشلونة واسبانيول. وهي زميلة مواطنه من روزاريو.[174]
لديه اثنين من أبناء عمه أيضاً يلعبون كرة القدم: ماكسي يلعب كجناح لنادي أوليمبيا من باراجواي، وايمانويل بيانكوتشي، الذي يلعب كلاعب خط وسط للنادي الأسباني غيرونا.[175][176]