في عام 2007 أنشئ ميسي مؤسسة ليو ميسي، هي مؤسسة خيرية تساهم في حصول الأطفال المعرضين للخطر على تعليم ورعاية صحية.[177][178] في مقابلة مع موقع معجبين، قال ميسي : "إكتسابي القليل من الشهرة الآن أتاح لي الفرصة لمساعدة الناس الذين هم بحاجة لها حقا، وبخاصة الأطفال".[179] رداً على صعوبات ميسي الطفولية العلاجية، تدعم مؤسسة ليو ميسي تشخيص الأطفال الأرجنتينين الذين يعانون من ظروف صحية من خلال تقديم العلاج في اسبانيا وتشمل النقل والمستشفيات وتكاليف الشفاء.[180] ويتم دعم مؤسسة ميسي من نشاطه الخاص بجمع التبرعات بمساعدة إضافية من هرباليفي.
في 11 مارس 2010 تم تعيين ميسي سفيراً للنوايا الحسنة لليونيسيف.[181] تعيين ميسي سفير لليونيسيف تهدف إلى دعم حقوق الطفل. ويتم دعم ميسي في هذا من قبل برشلونة، الذي لديه أيضا علاقة قوية مع اليونيسيف.[