كان كلايفرت أحد لاعبي منتخب هولندا لكرة القدم، وقد شارك في كأس أمم أوروبا 1996 وكأس العالم 1998 وكان من أشهر اهدافه خلال تلك البطولة الهدف الذي سجله في مرمى البرازيل في الدور نصف النهائي، وفي كأس أمم أوروبا 2000 استطاع أن يحصل على لقب هداف البطولة، ويعد كلايفرت أفضل هداف في تاريخ منتخب هولندا لكرة القدم، حيث سجل 40 هدف مع المنتخب.